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在动荡的幕末有着最强传说的男人——绯村剑心，曾经作为刽子手拔刀斋而受人畏惧。新时代来临后，他与神谷薰等重要的伙伴们一起过着安静祥和的生活。而正在此时，明治新政府却委托剑心前去暗杀继承了他影之刽子手名号的志志雄真实。本该被新政府背叛惨遭烧杀的志志雄奇迹般的活了下来，并在京都建立起了战斗集团，目标征服日本。
小薰拼命阻止剑心前往京都，而剑心却留下一句“一直以来谢谢你了”，之后便孤身前往京都。曾经无论剑术还是头脑都与剑心不相上下的志志雄，现已成为让人望而生畏的凶恶之徒，而剑心也终于得以与这宿命强敌对峙。但是，志志雄却命令手下濑田宗次郎与剑心交手，宗次郎剑速之快，竟将剑心的逆刃刀劈成两半。
与此同时剑心得知自己除了志志雄一派还有其他敌人存在。该人正是想要打倒剑心取得最强证明的原御庭番众四乃森苍紫。失去了逆刃刀的剑心，能否不打破不杀人的誓言的情况下，打败众多敌手呢。而小薰和伙伴们也赶到了西面楚歌的剑心身边。但是在志志雄火烧京都的凶恶火焰下，还隐藏着另一个恐怖的阴谋。